وظایف و اختیارات شورای عالی مالیاتی به شرح زیر است:
۱- تهیه آیین نامه‌ها و بخشنامه‌های مربوط به اجرای این قانون در مواردی که از طرف وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور ارجاع می‌گردد و یا در مواردی که شورای عالی مالیاتی تهیه آن را ضروری می‌داند پس از تهیه به رییس کل سازمان امور مالیاتی کشور پیشنهاد کند.
۲- بررسی و مطالعه به منظور پیشنهاد و اعلام نظر در مورد شیوه اجرای قوانین و مقررات مالیاتی و همچنین پیشنهاد اصلاح و تغییر قوانین و مقررات مالیاتی و یا حذف بعضی از آنها به وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور.
۳- اظهارنظر در مورد موضوعات و مسایل مالیاتی که وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور حسب اقتضا برای مشورت و اظهارنظر به شورای عالی مالیاتی ارجاع می‌نماید. در موارد موضوع این بند نظر اکثریت اعضای شورای عالی مالیاتی پس از تنفیذ وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رییس کل سازمان امور مالیاتی کشور، حسب مورد، برای کلیه مأموران و مراجع مالیاتی لازم‌الاتباع است.
۴- رسیدگی به آرای قطعی هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی که از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی مورد شکایت مؤدی یا اداره امور مالیاتی واقع شده باشد.
شورای عالی مالیاتی دارای هشت شعبه و هر شعبه مرکب از سه نفر عضو خواهد بود. رئیس و اعضای شعب از طرف رئیس شورای عالی مالیاتی منصوب می‌شوند.
دوره عضویت اعضای شورای عالی مالیاتی سه سال از تاریخ انتصاب است و در این مدت قابل تغییر نیستند مگر به تقاضای خودشان یا به موجب حکم قطعی دادگاه اختصاصی اداری موضوع ماده (۲۶۷) این قانون. انتصاب مجدد اعضاء پس از انقضای سه سال مذکور بلامانع است. رئیس شورای عالی مالیاتی از بین اعضای شورا که کارمند وزارت امور اقتصادی و دارایی باشد، به پیشنهاد رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور و حکم وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب می‌شود.
شورای عالی مالیاتی مرکب است از بیست و پنج نفر عضو که بین اشخاص صاحب نظر، مطلع و مجرب در امور حقوقی، اقتصادی، مالی، حسابداری و حسابرسی که دارای حداقل مدرک تحصیلی کارشناسی یا معادل در رشته‌های مذکور می‌باشند به پیشنهاد رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور و حکم وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب می‌شوند.
تبصره ۱- حداقل پانزده نفر از اعضاء شورای عالی مالیاتی باید از کارکنان وزارت امور اقتصادی و دارایی و یا سازمان‌ها و واحدهای تابعه آن که دارای حداقل شش سال سابقه کار در مشاغل مالیاتی باشند انتخاب شوند.
تبصره ۲- جلسات شورای عالی مالیاتی با حضور حداقل دو سوم اعضاء رسمی است و تصمیمات آن با رأی حداقل نصف به علاوه یک حاضرین معتبر خواهد بود.
در مورد مالیاتهای قطعی موضوع این قانون و مالیاتهای غیر مستقیم که در مرجع دیگری قابل طرح نباشد و به ادعای غیرعادلانه بودن مالیات مستنداً به مدارک و دلایل کافی از طرف مؤدی شکایت و تقاضای تجدید رسیدگی شود وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌تواند پرونده امر را به هیأتی مرکب از سه نفر به انتخاب خود جهت رسیدگی ارجاع نماید.
رأی هیأت به اکثریت آراء قطعی و لازم‌الاجرا می‌باشد. حکم این ماده نسبت به عملکرد سنوات ۱۳۶۸ تا تاریخ تصویب این اصلاحیه نیز جاری خواهد بود.
مؤدی یا اداره امور مالیاتی می‌توانند ظرف یک ماه از تاریخ ابلاغ رأی قطعی هیأت حل اختلاف مالیاتی، به استناد عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی، با اعلام دلایل کافی به شورای عالی مالیاتی شکایت و نقض رأی و تجدید رسیدگی را درخواست کنند.
در مواردی که هیأت حل اختلاف مالیاتی برگ تشخیص مالیات را رد یا این که تشخیص اداره امور مالیاتی را تعدیل نماید مکلف است نسخه‌ای از رأی خود را به انضمام رونوشت برگ تشخیص مالیات جهت رسیدگی نزد دادستان انتظامی مالیاتی ارسال کند تا در صورت احراز تخلف نسبت به تعقیب متخلف اقدام نماید.
هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی مکلف‌اند مأخذ مورد محاسبات مالیات را در متن رأی قید و در صورتی که در محاسبه اشتباهی کرده باشند، با درخواست مؤدی یا اداره امور مالیاتی مربوط به موضوع رسیدگی و رأی را اصلاح کنند.
رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی بایستی متضمن اظهارنظر موجه و مدلل نسبت به اعتراض مؤدی بوده و در صورت اتخاذ تصمیم به تعدیل درآمد مشمول مالیات، جهات و دلایل آن توسط هیأت در متن رأی قید شود.
آراء هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی بدوی قطعی و لازم‌الاجراء است.
مگر این که ظرف مدت بیست روز از تاریخ ابلاغ رأی بر اساس ماده (۲۰۳) این قانون و تبصره‌های آن به مؤدی، از طرف مأموران مالیاتی مربوط یا مؤدیان مورد اعتراض کتبی قرار گیرد که در این صورت پرونده جهت رسیدگی به هیأت حل اختلاف مالیاتی
تجدید نظر احاله خواهد شد. رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر قطعی و لازم‌الاجرا می‌باشد.
تبصره ۱- مؤدی مالیاتی مکلف است مقدار مالیات مورد قبول را پرداخت و نسبت به مازاد بر آن اعتراض خود را در مدت مقرر تسلیم کند.
تبصره ۲- نمایندگان عضو هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی نباید قبلاً نسبت به موضوع مطروحه اظهار نظر داشته یا رأی داده باشند.
تبصره ۳- در صورتی که رأی صادره هیأت بدوی از سوی یکی از طرفین مورد اعتراض تجدیدنظر خواهی قرارگرفته باشد در مرحله تجدیدنظر فقط به ادعای آن طرف رسیدگی و رأی صادر خواهد شد.
تبصره ۴- آراء قطعی هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی به استثناء مواردی که رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی بدوی با عدم اعتراض مؤدی یا مأمور مالیاتی مربوط قطعیت می‌یابد برابر مقررات ماده (۲۵۱) این قانون قابل شکایت و رسیدگی در شورای عالی مالیاتی خواهد بود.
تبصره ۵- سازمان امور مالیاتی کشور اجازه دارد شکایت کتبی مؤدیان مالیاتی از آراء هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی صادره تا تاریخ تصویب این ماده که در مهلت قانونی به مرجع مالیاتی ذیربط تسلیم شده است را یک بار به هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی تجدیدنظر به منظور رسیدگی و صدور رأی مقتضی احاله نماید.
تبصره ۶- در مواردی که شکایت مؤدیان مالیاتی از آراء هیأت‌های بدوی از طرف هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر رد شود و همچنین شکایت از آراء هیأت‌های تجدیدنظر از طرف شعب شورای عالی مالیاتی مردود اعلام شود، برای هر مرحله معادل یک درصد (۱%) تفاوت مالیات موضوع رأی مورد شکایت و مالیات ابرازی مؤدی در اظهارنامه تسلیمی، هزینه رسیدگی تعلق می‌گیرد که مؤدی مکلف به پرداخت آن خواهد بود.
وقت رسیدگی هیأت حل اختلاف مالیاتی در مورد هر پرونده، جهت حضور مؤدی یا نماینده مؤدی و نیز اعزام نماینده اداره امور مالیاتی باید به آنها ابلاغ گردد. فاصله تاریخ ابلاغ و روز تشکیل جلسه هیأت نباید کمتر از ده روز باشد مگر به درخواست مؤدی و موافقت واحد مربوط.
تبصره – عدم حضور مؤدی یا نماینده مؤدی و نیز نماینده اداره امور مالیاتی مربوط مانع از رسیدگی هیأت و صدور رأی نخواهد بود.
نمایندگان سازمان امور مالیاتی کشور عضو هیأت از بین کارمندان سازمان مذکور که دارای حداقل ده سال سابقه خدمت بوده و لااقل شش سال آن را در امور مالیاتی اشتغال داشته و در امر مالیاتی بصیر و مطلع باشند انتخاب خواهند شد.
