سلام، وقت بخیر
مطابق با تبصره ماده 120 قانون مالیات‌های مستقیم:
تبصره ـ در مورد صلح معوض و هبة معوض به استثنای مواردی که مشمول مادة (63 ) این قانون می‌باشد درآمد مشمول مالیات موضوع این فصل عبارت خواهد بود از مابه‌التفاوت ارزش *ن که براساس مقررات این ماده تعیین می‌شود نسبت به طرف معامله‌ای که از آن منتفع شده است.
مطابق با ماده 63 قانون:
ماده 63 ـ نقل و انتقال قطعی املاکی که به صورتی غیر از عقد بیع انجام می‌شود به استثنای نقل و انتقال بلاعوض که طبق مقررات مربوط مشمول مالیات است مشمول مالیات نقل و انتقال قطعی املاک برابر مقررات این فصل خواهد بود و چنانچه *ن، هر دو ملک باشند هریک از متعاملین به ترتیب فوق مالیات نقل و انتقال قطعی مربوط به ملک واگذاری خود را پرداخت خواهند نمود.
در مورد این موضوع که یک اداره مالیات اخذ و اداره دیگر اخذ ننموده؛ مالیات اخذ شده قاعدتا مالیات نقل و انتقال نبوده و مطابق تبصره ماده 120 عمل شده و ملکی که ارزش بیشتر داشته مشمول مالیات قرار گرفته است. و مطابق ماده 63 عمل نشده است.