مرجع رسیدگی به کلیه اختلاف‌های مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش‌بینی شده، هیأت حل اختلاف مالیاتی است. هر هیأت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل خواهد شد:
۱- یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور.
۲- یک نفر قاضی اعم از شاغل یا بازنشسته. در صورتی که قاضی بازنشسته واجد شرایط در شهرستان‌ها یا مراکز استان‌ها وجود نداشته باشد بنا به درخواست سازمان امور مالیاتی کشور، رئیس قوه قضائیه یک نفر قاضی شاغل را برای عضویت هیأت معرفی خواهد نمود.
۳- یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی و صنایع و معادن جمهوری اسلامی ایران یا اتاق تعاون یا جامعه حسابداران رسمی ایران یا مجامع حرفه‌ای یا تشکل‌های صنفی یا شورای اسلامی شهر به انتخاب مؤدی در صورتی که برگ تشخیص مالیات ابلاغ قانونی شده باشد و یا همزمان با تسلیم اعتراض به برگ تشخیص در مهلت قانونی مؤدی انتخاب خود را اعلام ننماید سازمان امور مالیاتی کشور با توجه به نوع فعالیت مؤدی یا موضوع مالیات مورد رسیدگی از بین نمایندگان مزبور یک نفر را انتخاب خواهد کرد.
تبصره ۱- جلسات هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی با حضور سه نفر رسمی است و رأی هیأت‌های مزبور با اکثریت آراء قطعی و لازم‌الاجرا است، ولی نظر اقلیت باید در متن رأی قید گردد.
تبصره ۲- اداره امور هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی و مسئولیت تشکیل جلسات هیأت‌ها به عهده سازمان امور مالیاتی کشور می‌باشد و حق‌الزحمه اعضای هیأت‌های حل اختلاف بر اساس آیین نامه‌ای که بنا به پیشنهاد سازمان امور مالیاتی کشور به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی خواهد رسید از محل اعتباری که به همین منظور در بودجه سازمان مذکور پیش‌بینی می‌شود قابل پرداخت خواهد بود.