وظایف و اختیارات شورای عالی مالیاتی به شرح زیر است:
۱- تهیه آیین نامه‌ها و بخشنامه‌های مربوط به اجرای این قانون در مواردی که از طرف وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور ارجاع می‌گردد و یا در مواردی که شورای عالی مالیاتی تهیه آن را ضروری می‌داند پس از تهیه به رییس کل سازمان امور مالیاتی کشور پیشنهاد کند.
۲- بررسی و مطالعه به منظور پیشنهاد و اعلام نظر در مورد شیوه اجرای قوانین و مقررات مالیاتی و همچنین پیشنهاد اصلاح و تغییر قوانین و مقررات مالیاتی و یا حذف بعضی از آنها به وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور.
۳- اظهارنظر در مورد موضوعات و مسایل مالیاتی که وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور حسب اقتضا برای مشورت و اظهارنظر به شورای عالی مالیاتی ارجاع می‌نماید. در موارد موضوع این بند نظر اکثریت اعضای شورای عالی مالیاتی پس از تنفیذ وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رییس کل سازمان امور مالیاتی کشور، حسب مورد، برای کلیه مأموران و مراجع مالیاتی لازم‌الاتباع است.
۴- رسیدگی به آرای قطعی هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی که از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی مورد شکایت مؤدی یا اداره امور مالیاتی واقع شده باشد.