موارد معافیت از پرداخت مالیات حق تمبر به شرح زیر است:
۱- مطابق با ماده ۴۸ قانون مالیاتهای مستقیم؛ سهام و سهم‌الشرکه کلیه شرکت‌های ایرانی موضوع قانون تجارت به استثنای شرکت‌های تعاونی بر اساس ارزش اسمی سهام یا سهم‌الشرکه به قرار نیم در هزار مشمول حق تمبر خواهد بود.
۲- مطابق با ماده (۱۳) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری؛ اشخاص حقیقی و حقوقی که در منطقه به انواع فعالیتهای اقتصادی اشتغال دارند، نسبت به هر نوع فعالیت اقتصادی در منطقه آزاد از تاریخ بهره برداری مندرج در مجوز به مدت پانزده سال از پرداخت مالیات بر درآمد و دارایی موضوع قانون مالیاتهای مستقیم معاف خواهند بود و پس از انقضا پانزده سال تابع مقررات مالیاتی خواهند بود که با پیشنهاد هیات وزیران به تصویب مجلس شورای اسلامی خواهد رسید.
لذا با عنایت به مراتب فوق، حق تمبر موضوع ماده 48 قانون مالیات های مستقیم بابت شرکت هایی که در مناطق آزاد به ثبت رسیده و دارای مجوز فعالیت اقتصادی در آن منطقه بوده و در منطقه مذکور نیز فعالیت دارند از پرداخت مالیات حق تمبر معافند.
۳- مطابق ماده ۲۷ قانون رفع موانع تولید رقابت پذیر و ارتقای نظام مالی کشور ؛ شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار یا بازار خارج از بورس موضوع قانون بازار اوراق بهادار جمهوری اسلامی ایران که از محل آورده نقدی یا مطالبات حال شده سهامداران افزایش سرمایه می دهند، از پرداخت حق تمبر موضوع ماده ۴۸ قانون مالیات های مستقیم و تبصره آن معاف می باشند.
۴- مطابق بند الف ماده ۱۱۱ قانون مالیاتهای مستقیم؛ تأسیس شرکت جدید با افزایش سرمایه شرکت موجود تا سقف مجموع سرمایه‌های ثبت شده شرکت‌های ادغام یا ترکیب شده از پرداخت دو در هزار حق تمبر موضوع ماده ۴۸ این قانون معاف است.